Měření fluorescence je vyžadováno v mnoha biologických (chlorofil, karotenoidy), biomedicínských aplikacích (fluorescenční diagnostika zhoubného bujení) a aplikacích v životním prostředí.
Měření fluorescence typicky vyžaduje velmi citlivé uspořádání (pro délku průměrování vstupu větší než 5 sekund je doporučen AvaSpec-2048-TEC). Ve většině fluorescenčních aplikací je množství emitovaného záření pouze 3 % z množství excitované světelné energie. Fluorescenční světlo má nižší energii (vyšší vlnovou délku) než excitační energie a obvykle je se toto světlo rozptyluje (energii vyzařuje všemi směry).
Nejdůležitější je v sestavě zamezit excitovanému světlu vstoupit do spektrometru.
Toho lze dosáhnout různými metodami, kde jedna nevylučuje ostatní:
- Použít světelný zdroj AvaLight-LED pro excitaci (malá šířka pásma), který neemituje žádnou energii v pásu fluorescenčního záření.
- Použít (interferenční) filtr typu dolní nebo horní propust v kombinaci se světelným zdrojem AvaLight-HAL s vysokým výstupním výkonem (malá šířka pásma excitace).
- Ujistěte se, že optická dráha pro excitované světlo a fluorescenci je otočená svisle o 90°. Tímto nebude excitační světlo vstupovat do přijímacího vlákna (využívá CUV-UV/VIS-FL nebo CUV-DHc/XE/LED).
- Využijte čas útlumu fluorescenčního záření k oddělení excitační energie z času integrace startovního pulzu. K tomu je vyžadován pulzní světelný zdroj (pulzní laser nebo xenonový blesk AvaLight-XE).
Typické uspořádání pro měření fluorescence je ukázáno níže.

